Được thành lập vào đầu những năm 2010 từ tiền thân là Trường Nghiệp vụ Thể thao Cần Thơ, Trường Phổ thông Năng khiếu Thể dục thể thao (PTNK TDTT) Cần Thơ có nhiệm vụ ban đầu là đào tạo lực lượng tham dự Hội khỏe Phù Đổng (HKPĐ) toàn quốc do Cần Thơ đăng cai vào năm 2012. Theo thời gian, trường đã có sự phát triển cả về số lượng và chất lượng đào tạo VĐV, cũng như mở rộng số bộ môn đào tạo đáp ứng yêu cầu trong tình hình mới là hướng đến đào tạo VĐV thành tích cao.
Trường PTNK TDTT Cần Thơ hiện nay có 67 cán bộ, giáo viên, HLV, trong đó biên chế là 50 người. Dự kiến, sắp tới khi Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch thực hiện đề án giải tán Trường Trung cấp TDTT, nhân sự sẽ được chuyển sang Trường PTNK TDTT nên sẽ xin thêm 5-7 biên chế để thành lập thêm một phòng chức năng mới. Trong năm 2021, trường đã tổ chức tuyển sinh 2 đợt vào tháng 4 và 5, với 75 em được tuyển vào 14 bộ môn. Hiện tại, trường có 229 VĐV ở 14 bộ môn, gồm: Điền kinh, Bơi lội, Karate, Taekwondo, Vovinam, Judo, Boxing, Thể dục dụng cụ, Bóng chuyền bãi biển, Cử tạ, Xe đạp, Canoeing, Bóng rổ và Cờ vua. Trong thời gian dịch bệnh hoành hành, tuy gặp nhiều khó khăn, nhưng trường vẫn tổ chức tốt việc duy trì dạy học online cho các VĐV, cũng như duy trì tập luyện tại nhà. Theo ông Lư Quốc Nhiêu, Hiệu trưởng Trường PTNK TDTT Cần Thơ, các VĐV của trường không được tham dự các giải đấu do dịch bệnh nên tập trung tập luyện duy trì giữ phong độ và học văn hóa.
Kể từ năm 2016, học sinh các trường năng khiếu TDTT, các trung tâm huấn luyện TDTT, CLB thể thao chuyên nghiệp không được tham dự HKPĐ toàn quốc. Điều này có nghĩa sân chơi thể thao dành cho học sinh đã trở lại đúng như ý nghĩa ban đầu, bởi rất nhiều địa phương do chạy theo thành tích mà việc VĐV năng khiếu, thậm chí chuyên nghiệp, tham gia thi đấu ở các kỳ HKPĐ không phải là chuyện hiếm. Cho nên kể từ khi Bộ Giáo dục và Đào tạo chính thức quy định những VĐV năng khiếu là đối tượng không được tham gia thi đấu tại HKPĐ, Trường PTNK TDTT Cần Thơ cũng đã xác định rõ mục tiêu quan trọng là đào tạo VĐV thành tích cao. Việc VĐV năng khiếu không thi đấu ở sân chơi này có chút thiệt thòi vì cũng là học sinh, nhưng bù lại ngành Thể thao, cụ thể là các HLV, có thể phát hiện được nhiều VĐV tiềm năng từ HKPĐ. Trường vẫn duy trì việc thành lập các CLB vệ tinh ở trường học để tuyển chọn lực lượng kế thừa tiềm năng. HKPĐ trở về đúng ý nghĩa là một đại hội thể thao dành cho học sinh cũng giúp các trường năng khiếu TDTT trở lại đúng với nhiệm vụ mục tiêu của trường.
Ông Võ Hữu Lý, Hiệu phó Trường PTNK TDTT Cần Thơ, cho biết với thể thao Cần Thơ vẫn có một số thuận lợi nhờ có bộ môn tạo được phong trào ở trường học, ở địa phương như Vovinam, Taekwondo , Karate… nên vẫn có lực lượng tốt tham gia HKPĐ. Tuy nhiên, khó khăn là những môn không có lực lượng ở cơ sở như Judo, Bóng chuyền… nên đòi hỏi HLV bộ môn phải rất tâm huyết mới có thể duy trì và phát triển phong trào. Với Trường PTNK TDTT Cần Thơ, trường sẽ tập trung đào tạo văn hóa, chuyên môn để VĐV tham gia các giải lứa tuổi, qua đó đủ sức trưởng thành vào các đội trẻ và tuyển thể thao Cần Thơ hoặc tuyển quốc gia.